新型道路材料国家工程研究中心的运行和管理实行理事会领导下的中心主任负责制，理事会主要邀请主管部门、科技界和道路专业管理与技术专家组成，理事会主要负责聘任中心主任、确定中心发展方向和研究领域、审议和批准财务预决算等重大事项的决策。同时聘请国内外相关领域专家组成工程中心学术委员会，负责工程中心的发展目标、任务和研究方向以及学术内容等方面的咨询，审查工程中心科研开发计划及年度研发计划，负责工程中心开题项目的论证及阶段性研究报告和最终研究报告的审查工作，负责学术带头人及优秀项目成果的评定，并向上级评奖机构推荐项目。